强直性脊柱炎与类风湿性关节炎相比更具有遗传性，患者后代，尤其是男性患者后代可能通过遗传因素而患病。遗传因素以HLA基因为主。在强直性脊柱炎患者群中，96%HLA-B27基因为阳性，而普通人群仅有7%阳性率，家族中HLA-B27基因阳性者的发病率也是普通人群的100-200倍。且有报道认为本病为常染色体显性遗传，但HLA-B27阳性并不说明就是强脊炎。